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《國(guó)務(wù)院關(guān)于
個(gè)人獨(dú)資企業(yè)
和合伙企業(yè)征收所得稅問題的通知》(國(guó)發(fā)〔2000〕16號(hào)）規(guī)定，從2000年1月1日起，個(gè)人獨(dú)資企業(yè)和合伙企業(yè)不再繳納
企業(yè)所得稅
，只對(duì)投資者個(gè)人取得的生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)所得征收個(gè)人所得稅。并且《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法》也明確規(guī)定個(gè)人獨(dú)資企業(yè)、合伙企業(yè)不適用本法。因此，對(duì)個(gè)人獨(dú)資企業(yè)只對(duì)其征收個(gè)人所得稅。
2006年1月實(shí)施的新《公司法》使得一人公司法律制度在我國(guó)首次得以確立，一人公司是依照《公司法》成立負(fù)有有限責(zé)任的法人企業(yè)，由于一人公司與其股東是兩個(gè)不同的法律主體，因此，在納稅時(shí)將一人公司與其股東分別對(duì)待，即對(duì)一人公司征收企業(yè)所得稅，再對(duì)股東分得的稅后利潤(rùn)征收個(gè)人所得稅，實(shí)行雙重征稅。

企業(yè)所得稅法實(shí)施前，內(nèi)資企業(yè)存在著計(jì)稅工資的限制，在此情況下，因企業(yè)所得稅的計(jì)稅工資與個(gè)人所得稅薪金扣除費(fèi)用是一致的，所以個(gè)人獨(dú)資企業(yè)所得稅稅負(fù)要輕于一人公司稅負(fù)。
企業(yè)所得稅法實(shí)施后，新稅法取消了原對(duì)內(nèi)資企業(yè)計(jì)稅工資的限制，對(duì)一人公司投資者的合理的工資支出可以在稅前據(jù)實(shí)扣除，而根據(jù)《關(guān)于個(gè)人獨(dú)資企業(yè)和合伙企業(yè)投資者征收個(gè)人所得稅的規(guī)定》（財(cái)稅〔2000〕91號(hào)）規(guī)定，投資者的費(fèi)用扣除標(biāo)準(zhǔn)參照個(gè)人所得稅法“工資、薪金所得”項(xiàng)目的費(fèi)用扣除標(biāo)準(zhǔn)確定，投資者的工資不得在稅前扣除。根據(jù)《財(cái)政部國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整個(gè)體工商戶個(gè)人獨(dú)資企業(yè)和
合伙企業(yè)個(gè)人所得稅
稅前扣除標(biāo)準(zhǔn)有關(guān)問題的通知》（財(cái)稅〔2008〕65號(hào)）規(guī)定其費(fèi)用標(biāo)準(zhǔn)為每年2.4萬元，所以，個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的所得稅稅負(fù)并不一定始終低于一人公司稅負(fù)。

 例如，某個(gè)人獨(dú)資企業(yè)與某一人公司在個(gè)人獨(dú)資企業(yè)未扣除投資者費(fèi)用，一人公司未扣除投資者工資的情況下，年度利潤(rùn)相同，為22.4萬元，其個(gè)人獨(dú)資企業(yè)應(yīng)繳納個(gè)人所得稅（224000－24000）×35％一6750＝63250元，稅負(fù)率為63250/224000×100%=28.24%。一人公司的投資者如果每月發(fā)放12000元工資，則其投資者個(gè)人年度工資薪金收入應(yīng)繳納個(gè)人所得稅［（12000－2000）×20％－375］×12＝19500元，一人公司年度應(yīng)繳納企業(yè)所得稅（224000－12×12000）×20％＝16000元，投資者個(gè)人分回股利收入應(yīng)繳納個(gè)人所得稅（224000－12×12000－16000）×20％＝12800元，個(gè)人所得稅與企業(yè)所得稅合計(jì)為19500＋16000＋12800＝48300元，一人公司所得稅稅負(fù)為48300/224000×100％=21.56％，一人公司的稅負(fù)比個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的稅負(fù)低6.68個(gè)百分點(diǎn)。
從上面的例子可以看出，企業(yè)所得稅法取消了計(jì)稅工資限制后，個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的所得稅稅負(fù)并不一定始終低于一人公司稅負(fù)，并且一人公司以
有限責(zé)任公司
的形式出現(xiàn)，只承擔(dān)有限責(zé)任，風(fēng)險(xiǎn)相對(duì)較小；個(gè)人獨(dú)資企業(yè)由于要承擔(dān)無限責(zé)任，風(fēng)險(xiǎn)較大。

因此，投資者要綜合考慮所得稅稅負(fù)及各方面的因素，選擇設(shè)立適合自身實(shí)際情況的企業(yè)組織形式，以實(shí)現(xiàn)投資效益的最大化。